胃腸道內棲息著數目龐大的微生物群落，其微生物細胞數量遠遠超出了宿主動物機體的總細胞數。人類結腸內的細菌占機體總細胞的90％以上。kleessen et al（1997）報道在大鼠盲腸和糞便中已鑒別出627種微生物菌落。
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三 無菌腸道與菌群腸道
有些研究認為微生物群落或微生態系統可能并不是動物生存和生長所必需的，如無菌小雞要比普通雞，甚至比用抗菌生長促進劑處理過的動物生長的要好。無菌動物與普通動物相比，其胃腸道具有不同的特點（Ewing and Cole,1994）。無菌動物小腸重量較低其代謝能消耗較低和內源損失下降。（建明工業出品）一般來說，對于單胃動物，代謝消耗大和腸道疾病的發生對動物機體造成的不利影響已遠遠勝過了胃腸道內棲息微生物菌落對動物機體產生的有益作用。然而，反芻動物并非如此，反芻動物可以利用富含纖維的低質粗飼料為機體提供營養物質主要得益于瘤胃微生物區系。
單胃動物胃腸道穩定的微生物發酵可以影響病原菌群的建立，因為腸道內穩定的發酵對病原菌的建立有抵制作用（Hil’man et al.，1994）。然而檢測動物微生物發酵的穩定性有一定的難度，因此，很有必要研究腸道內容物的變化。腸道內的有些微生物能有效地抑制病原菌的大量繁殖，特別是乳酸菌。（建明工業出品）所以測定腸道內能抑制病原菌增殖的菌落的潛在有效能是基于腸道內容物中乳酸桿菌與大腸桿菌之間的比例，一般而言，如果有益菌乳酸桿菌的數量相對高于有害菌大腸桿菌類，則表明對病原菌有抑制作用的細菌數增加了，并且這可能是判斷動物是否健康的一個很有用的指標。
胃腸道消耗大量能量用于自身代謝，因此，腸道功能的改變可以影響動物的生產性能。小腸內存在一些微生物發酵，并且這些微生物也同宿主動物競爭易消化的營養物質，豬飼料凈能有6%因小腸內的微生物發酵而損失（Mikkelsen and Jensen，2000）。調控小腸食糜流通效率將有可能改善家畜生產性能。動物采食高能量濃度型日糧增加葡萄糖和其它營養物質的轉運能力，這樣可以降低葡萄糖進入大腸的數量。在大腸葡萄糖是不能被有效利用的。