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在循環水養殖中，魚和蝦有時候也會死亡，死亡的直接原因70%是病害，包括細菌、真菌、病毒和寄生蟲病。那么這些病原微生物是哪里來的呢？

一般來說，養殖池里加上水，放上魚，投點料，就可以開始養殖了。假設養殖池消毒殺菌的特別徹底，那么病源就是水、魚和餌料。假設餌料來源可靠，保存得當，操作過程沒有污染。那么水和魚的攜帶病原可能性最大。

魚攜帶入病原的可能性是很大的，從魚卵開始，就有某些細菌和病毒從母體通過垂直傳播終身攜帶。如果你的魚苗是外購的，則在魚苗孵化、養殖和運輸的任何一個環節都有可能感染病原。當然，魚苗攜帶病原很正常，并不代表一定致病，就像人類體表攜帶感冒病菌卻不見得會感冒一樣。我們要做的是通過檢疫和藥浴的方式將魚苗攜帶的病菌所帶來的危害降到最低。

水是最難處理的，水里物產豐富、品種多樣，含有大量的細菌，而循環水養殖要做好第一道防線就是先把水養好，維持系統穩定，保護魚不受到傷害。

在循環水養殖中，最常用的殺菌方法是紫外線和臭氧。利用紫外線的穿透性和臭氧的強氧化性將細菌消滅，但這兩種殺菌方法也還是一點缺陷的，用紫外線殺菌如果穿透性不夠強，細菌還是可以自我修復的，而臭氧雖說殺菌效果好，但過多殘留臭氧對魚類有毒性。但這也不必過于擔心，一般在養殖中我們不必把所有細菌都消滅，只需把細菌控制在一定范圍內，不讓細菌暴動就可以了，一般魚類還是要自身免疫力的的，而且這也是對魚類免疫力一種正刺激。

病毒由于是寄生在動物細胞內的，一旦攜帶無法去除，一般是池塘里的苗種非常容易攜帶寄生蟲，而室內封閉系統孵化出來的苗一般是不帶寄生蟲的。這就是工廠化循環水養殖的最大優點，與外環境隔離，控制細菌、病毒病爆發，杜絕寄生蟲，從而實現綠色水產品。

我們在設計系統時，會根據水量來配置相應的殺菌消毒裝置。更重要的是在平時的日常生產中，要定時監測水中的微生物數量和種類才是上計！另外，從外環境抽入的水在進入生產車間之前也同樣需要殺菌消毒處理，這是第一道閘門，我們稱為原水處理。

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