隨著養殖集約化的不斷發展，病原體的不斷變異，養殖中對于疾病的控制越來越困難，過去認為依靠疫苗或藥物就能很好地起到預防作用的觀點已經存在很大的認識誤差，科學的養殖不僅能夠提高畜禽的生產力，而且對于疾病的預防與控制也有不可估量的作用。要做到七分養、三分治，讓健康養殖唱“主角”，再配上預防與治療有機的結合，這樣才能夠收到積極的效果。
規模養殖場首先要立足于科學健康的飼養，因為只有在科學飼養的前提下，動物才有健康。有了健康的動物，再與防疫結合，防疫才有基礎，才能有效釋放防疫效率。所以，預防結合治療，注重科學養殖，才是養殖業防疫工作應對當今疫病多發困局的根本出路。
科學養殖應注意做好以下幾方面的工作：
場址的選擇及場舍的布局
養殖場應盡可能選擇地勢高、干燥、排水良好的地方，辦公區、生活區和生產區應合理劃分布局，留有隔離空間，所有建筑物都應根據地勢、日照、四季風向等考慮合適的朝向。另外，養殖場的選址還必須遠離生活區。
畜禽源的選擇
選擇畜禽源的時候，畜禽苗一定要來自信譽好、健康、無特定病原的種畜禽場。在引進種苗時要及時了解當地的疫情動態，對引進的種苗要及時進行產地檢疫，在運輸途中一定要防止應激反應的發生，對新引進畜禽一定要隔離飼養一段時間(一般1個月)，確認無病后方能并群。
消毒、隔離制度
養殖環境中滋生著各種致病微生物，用消毒方法來殺滅環境中的致病微生物，是獸醫綜合防疫中的重要環節，更是“投藥預防”所無法代替的。
消毒工作一定要避免以下認識誤區：
1.未發生疫病可以不進行消毒。雖然沒有發生傳染病，但外界環境可能已存在傳染源，傳染源會排出病原體。如果此時沒有采取嚴密的消毒措施，病原體就會通過空氣、飼料、飲水等傳播途徑，入侵易感畜禽，引起疫病發生。
2.消毒前不清理污物。徹底的機械清除污物是有效消毒的前提。
3.消毒不嚴格。消毒是非常細致的工作，要全方位進行消毒。
4.已經消毒的畜禽就不會發生疫病，發生疫病就是消毒沒有效果。實際上，這與消毒劑質量及消毒方法都有關，只有做好養殖場的生物安全工作，定時、定位、徹底、規范消毒，同時結合有計劃的免疫接種，才能做好養殖防病工作。
5.只用干燥的石灰消毒。使用石灰消毒最好的方法是加水配成10%～20%的石灰乳，用于涂刷畜禽舍墻壁。
6.消毒液不現配現用。消毒液要現配現用，否則會發生化學變化，造成“失效”。
7.空欄消毒后不沖洗殘留藥物。空欄消毒后一定要沖洗，否則殘留的消毒劑會造成畜禽蹄爪和皮膚的灼傷。
8.長期固定使用單一消毒劑。長期固定使用單一消毒劑，病原微生物容易形成抗藥性；同時由于殺菌譜窄，可能不能殺滅致病菌。因此最好幾種不同類型的消毒劑輪換使用，特別是酸堿消毒劑交替使用。
建立專人專項制度防止交叉污染
飼養用具要專欄專用，不得混用、借用、共用，用后應及時消毒備用。更重要的是，不能混用飼養人員，飼養人員在正常情況不得相互串欄。此外，對于外來參觀人員，也必須制定相應的規章制度及措施，預防病原體的感染及交叉傳播。
對飼養動物的要求
各畜禽按一定的年齡、性別、群體進行分組飼養，實行“全進全出制”。對病死畜禽，應及時發現，及時無害化處理，嚴禁病死畜禽尸體亂拋亂棄，避免成為新的傳染源，造成更大的污染。每天及時地清理畜禽排出的尿液、糞便，不能隨意處理畜禽排泄物，最好使用生物發酵或焚燒的方式對排泄物進行無害化處理，防止成為新的傳染源。此外，結合養殖場的實際，對飼養畜禽制定嚴格的疫苗免疫制度。
人員素質要提高
養殖業的成敗很大程度在于管理者和飼養員素質的高低。由于專業飼養戶缺乏一個小型企業的各種生產規范流程，飼養管理者就需要擁有一定的專業素質，而且還應有市場意識和管理經驗，對員工應加強技術技能培訓，建立各種崗位制度。使每個員工熟悉整個飼養流程，熟悉各種技術規范、操作程序，明白自己的工作職責、生產指標，對一般的問題能自己處理，無法解決的問題又能及時上報，及時解決。
因此，養殖場應多派人參加技術研討會、交流會，定期組織員工學習、交流，多訂閱相關專業報刊雜志。有的養殖場舍得在良種、設備等方面投巨資，卻忽視員工的培訓教育，或舍不得聘請專業技術人員，結果問題層出不窮。在用人上更應該保證“以防為主”方針的實施。