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飼料中砷含量主要與產生它的環境中砷含量有關。植物通過根系從土壤中吸收各種形態的砷轉運到植株的各部分。噴施到葉子上的含砷殺蟲劑可被葉子吸收，從葉鞘向根、莖和其它部分擴散。對于植物性飼料，主要受土壤和殺蟲劑中含砷量影響。當植物生長時使用了含砷農藥如殺鼠藥（三氧化二砷，主要用于草場），殺蟲劑乙酰亞砷酸銅、砷酸鈉、除莠劑等或受工業污染后這些飼料中砷的危害就顯得嚴重了。

植物性飼料中汞的危險性主要來源于含汞農藥污染的飼草、飲水和飼料。由于汞在動物體內排出十分緩慢，有積累效果，主要蓄積于腎和肝中，肌肉、血液中也分布。因此動物性飼料中汞含量變化較大。工業污染程度是決定該地區產飼料中汞含量的關鍵因素。

對動物有危害程度的含氟量較高的飼料，通常與特殊的自然條件和工業的公害有關。在工業污染區生產的植物性飼料（主要是牧草），含氟量就有明顯上升。煉鋁廠、鐵廠、鋼廠、過磷酸鹽廠、煉鋼廠、玻璃廠和陶瓷廠排放出大量含氟煙塵，氣氟濃度可達4～8.5μg/dm2一天，相當于每次立方米空氣含 1～2μg氟。高的氣氟濃度是牧草中氟含量上升（50～90mg/kg）的主要原因。氟在巖石中自然存在，特別是在與磷酸鹽有關的巖石中，大多數磷酸石含較高水平的氟，因此骨粉、肉骨粉也是飼料中的高氟攜帶者。工業廢水污染嚴重的水域所生產的魚粉中含氟量也較高。

不同種類的植物對鎘的吸收也存在明顯的差異，有些植物對鎘有選擇性吸收和蓄積能力。例如莧菜、蕪菁、菠菜等對鎘有較強的吸收能力。植物不同部位吸收和累積的鎘量也存在著差異。一般是新陳代謝旺盛的器官蓄積的鎘量多，而營養貯存器官的含鎘量較少。鎘在植物各部位的分布基本上是：根＞葉＞莖＞花、果、籽粒。

植物飼料中的鉻也是與其它元素一樣，是通過根從土壤或通過葉而攝取的。但鉻在植物中的遷移能力很弱，因此絕大部分鉻積累在根中，其次是莖葉，而籽粒中積累很少。

細菌是自然界中數量最多的生物，自然會對飼料有所侵蝕。細菌的生長所需的環境水分含量一般在15%以上，對一些營養成分含量高，例如肉骨粉，或含油含水分高的飼料，如植物油料的餅粕，或由含菌物產生的飼料如發酵產生的飼料，在消毒不好等情況下，飼料中細菌含量會顯著增加。飼料中細菌來自飼料產儲運銷各環節的外界污染，如空氣、土壤、水、器物、人手等。動物性飼料原料中陽性率最高者是肉粉，其次是肉骨粉，魚粉中沙門氏菌的檢出率也較高。除了動物性飼料原料外，植物性飼料原料的油粕類也有沙門氏菌污染。

霉菌和霉菌毒素是對飼料危害最大的生物性污染物。據統計，全世界平均每年有10%的飼料由于霉變而損失。飼料霉變的損失來自兩個方面，一是營養方面，它降低了飼料營養價值，產生的很多異味損害了飼料的適口性。二是病理方面，它產生一些對畜禽有毒有害的代謝產物，導致畜禽的急、慢性中毒。此外，殘留于畜禽肌肉、內臟或乳中的霉菌毒素還可能通過食物鏈傳遞給人，造成更大的危害。

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