有機肥料含有大量的有機質，具有明顯的改土培肥作用；化學肥料只能提供作物無機養分，長期施用會對土壤造成不良影響，使土壤“越種越饞”。
有機肥料含有多種養分，所含養分全面平衡；而化肥所含養分種類單一，長期施用容易造成土壤和食品中的養分不平衡。
有機肥料養分含量低，需要大量施用，而化學肥料養分含量高，施用量少。
有機肥料肥效時間長；化學肥料肥效期短而猛，容易造成養分流失，污染環境。
有機肥料來源于自然，肥料中沒有任何化學合成物質，長期施用可以改善農產品品質；化學肥料屬純化學合成物質，施用不當能降低農產品品質。
有機肥料在生產加工過程中，只要經過充分的腐熟處理，施用后便可提高作物的抗旱、抗病、抗蟲能力，減少農藥的使用量；長期施用化肥，由于降低了植物的免疫力，往往需要大量的化學農藥維持作物生長，容易造成食品中有害物質增加。
有機肥料中含有大量的有益微生物，可以促進土壤中的生物轉化過程，有利于土壤肥力的不斷提高；長期大量施用化學肥料可抑制土壤微生物的活動，導致土壤的自動調節能力下降。
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