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大腸桿菌是動物機體的常在菌，主要通過糞便排泄，及時清理糞便，做好消毒工作，可以減少環境中大腸桿菌的濃度，從而減少感染機會。消毒藥要交替使用，因為有些細菌可以對消毒藥產生耐藥性，且遇到比較頑固的細菌，有些消毒藥的藥效達不到殺菌的作用，比如金碘等，由于揮發比較快，殺菌效果就不那么好。

飲水的消毒一般采用氯制劑。但國外有報道稱因為水的酸堿度問題，消毒不一定徹底，而在飲水中加入檸檬酸或醛固酮等，提高水的酸度，可以提高氯制劑的殺菌效果。很重要的一點，要注意水線的消毒，一批鴨子出欄后要對水線進行清洗。

大腸桿菌在夏天的發生率要遠高于冬天。原因在于夏季炎熱潮濕，室內如果養殖密度大，通風不良，溫濕度高，氨味重的話導致機體體質變差、抵抗力下降、呼吸道黏膜受損，容易感染大腸桿菌。此時如果糞便清理不及時，就為大腸桿菌的孽生提供了有力的條件。并且由于濕度大，空氣中氣溶膠的含菌量增多，增加了機體感染的機會。所以夏天要注意及時清理糞便，加強通風換氣及控制好溫濕度。

要做好種蛋的消毒工作，及時淘汰弱殘雛。雛鴨在1-4d進行藥物預防，可有效減少蛋傳大腸桿菌發病的幾率。不要突然換料，減少對消化道的損傷，從而減少大腸桿菌入侵的機會。增強機體抵抗力、減少應激，必要時投喂抗應激藥。

我國大腸桿菌血清型眾多。高菘等從我國18個省、市、自治區分離出440株禽源性大腸桿菌，經鑒定有60個血清型之多，而且不同地區的優勢血清群差異很大，就是在同一地區不同養殖場血清型相差也較大，甚至在同一養殖場同一禽群可以存在多個血清型。羅玲、孫廣力、李文楊等對不同省份鴨大腸桿菌的調查也驗證了這一說法。所以在做疫苗免疫之前，最好弄清楚當地（本場）流行的大腸桿菌血清型。目前大腸桿菌的疫苗主要有滅活疫苗、致弱活疫苗、基因缺失突變疫苗等。

根據藥敏試驗結果選藥，由于大腸桿菌易產生抗藥性，所以要交替用藥。另外不同藥物的作用機理不同，根據疾病的不同癥狀及疾病的不同時期要合理選擇用藥。新牧特效藥是有10多種藥物成分組成的對大腸桿菌不易產生耐藥！

近年來，由于抗生素的濫用，細菌耐藥性不斷增強，很多機構開始研究非抗生素類治療措施。在體外對大腸桿菌屬、沙門氏菌屬、梭菌屬、白色念珠菌屬和真菌的殺菌活性已得到確認

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