飼料（原料）在儲存、加工和運輸過程中可能造成飼料霉變和污染，如飼料中的細菌、霉菌、病毒、弓形體等致病菌，可直接進入消化道，引起消化道感染，發生感染型中毒性疾病，如沙門氏菌中毒等。某些細菌在飼料中繁殖并產生細菌毒素，通過相應的發病機制引起的細菌毒素中毒，如由肉毒梭菌毒素等引起的細菌外毒素中毒。霉變過程產生的霉菌和霉菌毒素等代謝產物可使飼料感官性狀惡化，如刺激性氣味、顏色異常、粘稠、結塊等，結果飼料適口性下降。動物攝入受霉菌污染的飼料后，在肝、腎、肌肉、乳汁以及禽蛋中可以檢出霉菌毒素以及其代謝產物，因而導致動物性食品污染。

　　飼料非生物性污染　多種化學物質如有毒重金屬和非金屬，某些有機或無機化合物均可以污染飼料，嚴重影響飼料的安全性。如過度使用含氯化物的農藥、塑料之類的含氯垃圾焚燒時溫度低于850℃，紙漿漂白、工業冶煉過程中使用含氯清潔劑及汽車尾氣等，都可產生二英，二英粒子會污染農作物進而累積于飼料中。大部分藥物添加劑本身具有較強的毒性作用。如青霉素鉀、頭孢菌素類等大量使用會誘發體內產生β－內酰胺酶，使青霉素內酰胺結構破壞而失去活性，導致青霉素、頭孢菌素耐藥性增高；痢特靈、卡那霉素等藥物對動物機體B淋巴細胞的增殖有抑制作用，能影響疫苗的免疫效果；磺胺類藥也損害腎功能和造血系統。飼料金屬元素的超量使用高銅制劑在豬飼料中廣泛使用，它不僅對豬生長有促進作用，還可使糞便發黑，增加豬飼料的商業性狀。有的廠家不僅在仔豬、生長豬飼料中添加高銅、而且在肥育豬、肉雞等飼料中使用高銅制劑，并不能明顯提高生產性能。通常情況下育肥豬飼料中含有4ppm銅就能滿足需要。銅含量過高時，還必須注意鐵和鋅的補充。有資料顯示，當銅含量高達250ppm時，可使豬的脂肪變軟，影響胴體的形狀。美國不希望飼料中使用高銅制劑，英國將銅限制在160ppm以內。我國雖未禁止，但明文規定仔豬飼料中銅的最大添加量應小于200ppm，其它畜禽應小于150ppm。由于養殖戶對豬飼料糞便發黑的特殊商業要求，普通養殖戶不使用高銅有難度，但對大的養豬場可推廣育肥豬飼料中不使用高銅制劑。豬飼料中添加血粉同樣可使豬糞便發黑，減少銅的含量。有不少廠家在乳豬飼料中使用高鋅制劑（鋅大于1000ppm），這樣大量的鋅將隨糞便排除出體外，造成環境污染。

　　使用違禁和淘汰藥物　鹽酸克倫特羅（HCL- clenbuterol），商品名稱有克喘素、安喘素、瘦肉精等，它是一種β-腎上腺素能激動劑或營養重分配劑，作用是增加瘦肉，減少脂肪。我國雖已禁止使用，但是鹽酸克倫特羅中毒事件時有報道。在牛飼料中添加激素作為促生長劑已有多年歷史，但近年來，歐盟認為食用激素牛肉可能會導致人發生癌癥或其它嚴重疾病，這類牛肉中含有雌烯二醇、黃體酮、睪銅、霉烯酮等多種激素，可擾亂人體內分泌，引起致癌、致畸。